Les CPIE de la région Bourgogne Franche Comté sont unis officiellement en « Union régionale des CPIE (URCPIE) Bourgogne Franche-Comté » depuis le 26 janvier 2016. Les 6 structures poursuivent le même but : favoriser la prise en compte du développement durable à l'échelle de la nouvelle région Bourgogne Franche-Comté, en déclinant des projets sur les territoires où les CPIE sont implantés. A travers son projet associatif, l'URCPIE est une plateforme d'élaboration de projets de portée régionale à l'initiative de ses membres et comme relais des orientations définies par l'Union nationale des CPIE.